有机肥料设备的主要流程大致包括为：原料选配→干燥灭菌→配料混合→制粒→冷却筛选→计量封口→成品入库。

，原料的细度的合理搭配对于有机肥生产工艺流程至关重要。有机肥设备和有机肥生产工艺经验，整个原料的细度应搭配如下比较好：100—60目的原料约占30%—40%，60目至直径1.00㎜的原料约占35%，直径1.00—2.00㎜的小颗粒约占25%—30%，材料细度越高，粘性就越好，造粒后的颗粒表面光洁度也就越高。但是在生产过程中，超比例的高细度材料的使用，易出现因粘性过好造成颗粒过大，颗粒不规则等问题。

    而复杂一点的的有机肥料设备生产工艺流程为：有机肥原料(动物粪便、生活垃圾、枯枝烂叶、沼渣、废弃菌种等)发酵后进入半湿物料粉碎机进行粉碎，然后加入氮磷钾等元素(纯氮、五氧化二磷、氯化钾、氯化铵等)使所含矿物元素达到所需标准，然后有搅拌机进行搅拌，再进入造粒机制颗粒，出来后烘干，通过筛分机筛分，合格产品进行包装 ，不合格的返回造粒机进行造粒。